食品医薬品局（FDA ）は食品の加工および保管が衛生的であるかどうか、食品媒介疾患に伴う問題の安全性を定期的に点検する義務があるが、今回の政府閉鎖により、数日前まで、そのルーティンは多数の業務でキャンセルされていたと報告されている。一部大学の食堂ではFDAの安全基準に準拠する検査と監督を独自に行っている。食品安全の法的専門家は政府閉鎖中、一定の食品の摂取を抑制するよう奨励している。
元FDA副局長のスティーブン.オストロフは現在の政府一部閉鎖についての意見を23日に公開した。彼は「閉鎖は、納税者にとっても業界にとっても、お金が枯渇していくようなものである」と述べ、閉鎖のコストは国境の壁コストより大きい見積もりがあると指摘した。また、リスクの低い国内検査、企業への指導、規制の出版物、一般に安全であると認められる食品の決定プロセス、ラベルおよび規格の開発、消費者との日常的なコミュニケーションなどは現在行われていないと指摘した。オストロフは「これは貴方にコストがかかることになるでしょう。これは必然的に遅れをもたらし、締め切りを逃すことになる」と聴衆である乳製品処理関係者に語った。また、FDAの規制当局では「最高の人材が必要」であるが、閉鎖が長引く場合、有能で熟練した人々は民間企業に採用される可能性があるため、そのような職員を失った後、補充するのに苦労すると懸念した。
一般的に政府が閉鎖されると、国民は一部FDAを含む重要な箇所で労働者が強制休暇に入ることを知っているため、特に食品の安全性を懸念し始める。ネブラスカ州のネブラスカ大学リンカーン校では、食品医薬品局からの食品検査が減少しているにもかかわらず、このキャンパスでの食堂は食品安全性に影響を受けていないと、大学食堂サービスの暫定副所長パム.エドワーズは述べた。彼女は、食堂の食品供給者はFDAの検査を使用しているが、食品の配達時に施設が「独自の綿密な検査」を行うと述べた。また「私達自身の安全計画があるので、私達の観点から監視します。しかし私達が働く全ての会社は彼ら自身の計画があります」と語った。エドワーズは、政府閉鎖の前から、通常州および連邦の規制に準拠した幾つかの検査を行い、一部は私的監査も実施していると述べている。
一方、専門家は政府閉鎖中の食品安全性について懸念を表明している。消費者擁護団体である公益部門科学センターの規制業務担当副部長サラ.ソーシャーは「政府閉鎖は食品の安全性が失われる可能性があることを非常に心配していますが、どこで、いつそのような事が起きるかわかりません」と述べた。22日、FDAは12月22日に政府の閉鎖が始まって以来停止していた幾つかの食品安全検査を再開した。食品安全の弁護士であるビル.マーラーは、閉鎖中に彼が食べない食品は何かと尋ねられ「貴方自身が制御不可能な食品は全てであるが、サラダや包装済みのサンドイッチ、または未調理の食品など、全ての生鮮食品や調理されていない食品である」と述べた。彼のリストはもやし、緑葉野菜、チーズ、アイスクリームなどの食品に対する警告を促した。特に、妊娠中の女性、子供、免疫システムが危険に晒されている人々は注意するべきである。マーラーは政府閉鎖がなくてもFDAには検査官が不足しているため、FDAの管轄下で検査されている食品は80％であるとし「我々はすでに赤字です。FDAで何かを削減している時、多くを削減しています」と述べた。また、議員らも現時点で、食品の安全性について疑問視している。コネチカット州の民主党議員ロサ.デラウロは23日「連邦政府の閉鎖が米国農務省（USDA）および FDAの食品安全プログラムにどのような影響を及ぼしている」かに焦点を当てる議会勧告を行った。
今日で34日目を迎えた政府閉鎖の緊張は危険なレベルに達している。他の一部政府職員に加えて連邦政府の保健福祉省（HHS）も約50％が無給強制労働を強いられ、他の50％は強制自宅待機に追い込まれている。給料を受けずに働き続ける労働者はストレス増加により、インフルエンザなどの病気に脆く健康の影響を受けやすくなる。加えて、FDAは食品の安全性検査は通常のルーティンを一ヶ月間キャンセルしていた為、一般市民にも影響がある。米国交通安全局の関係者は24日、職員が安全な仕事が維持するため、機関への資金および労働者へ給与が支払われていない状況は危険であるとして、公的声明で、即時に政府を再開し支払いをするよう要請した。24日、政府を再開する努力として、上院議会は下院民主党が推進した壁費用を除く国境強化を含む法案と、壁資金を含む共和党の法案の二つの投票を行ったが60票を必要とする規定下で、いずれも失敗に終わった。この結果、両党が真剣な妥協案を協議する以外に方法はない状況になっている。そのような状況下でトランプ大統領の支持率は一ヶ月前の42％から24日には 34％に減少した。